14 Haziran 2001, Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Daire Başkanlığı görevine ikinci kez atanan Sabri Uzun´un ilk görev günüydü.
(Bu göreve ilk olarak 28 Şubat günlerinde İçişleri Bakanı Meral Akşener tarafından getirilmiş, 1999´da İçişleri Bakanı Sadettin Tantan tarafından görevden alınmıştı.)
Odasına dairenin şube müdürlerinden Recep Güven (şu anda FETÖ davalarının firari sanığı) girdi ve önüne bir şema koydu:
?O gün şube müdürü, Recep Güven odama gelerek bana en üst kısmında ?Ergenekon Örgütü´ yazan bir şema gösterdi? Şubesine giderek yanında Tuncay Güney isimli kişinin ifade tutanağını ve bir de bilgi notu getirdi. ?Kim yaptı, neye göre yaptı´ diye sordum. ?İstanbul istihbarat gönderdi´ dedi? Eğer o gün beni kandırabilselerdi, Ergenekon Operasyonu 2001´de başlayacaktı??
Görev süresi de kısa oldu. Bir yıl sonra 6 Ağustos 2002´de ikinci kez görevden alındı.
3 Kasım 2002´de AK Parti tek başına iktidara geldi. 13 Haziran 2003´te Sabri Uzun üçüncü kez İstihbarat Daire Başkanlığı´na getirildi. Hanefi Avcı da Kaçakçılık ve Organize İşler Başkanı olmuştu. AK Parti iktidarı, 28 Şubat´ta darbecilere karşı duran emniyetçilerle çalışmaya karar vermişti.
9 Kasım 2005´te Şemdinli´de Umut Kitabevi bombalandı.
Olayı araştırmak için Meclis´te bir komisyon kuruldu.
2 Şubat 2006 günü komisyona ifade veren Sabri Uzun normal demokratik ülkelerde askerin görevlerini, yapıp, yapamayacaklarını anlattı ve ertesi gün gazetelere manşet olan cümleleri kurdu:
?Örgütün üstlenmediği eylemler olursa bu meçhul bir şeydir. Yani başka bir güç bu anormalliği yapıyor demektir. Olayın adını koyamıyoruz bir türlü. Şimdi, hırsız evin içinde olursa kilit işe yaramaz.?
Aynı günlerde, 2001´de kendisine Ergenekon şemasını sunmuş şube müdürü Recep Güven yanına geldi ve ?Asker içinde bir örgütlenme var, biz bu örgüt üzerinde çalışmak istiyoruz? dedi. Uzun ?2001´deki örgüt mü? diye sordu. ?Evet? cevabını aldı. Ergenekon operasyonlarını başlatma teklifini sert biçimde bir kere daha geri çevirdi.
Şubat 2006´da Ağustos´taki YAŞ´ta Genelkurmay Başkanı olması beklenen Kara Kuvvetleri Komutanı Yaşar Büyükanıt´ın dedesinin Yahudi olduğunu iddia eden ulusalihanet.com sitesi açıldı.
27 Şubat 2006´da Sabri Uzun, üst makamlara bir bilgi notu yazdı ve ?sitenin arkasında Gülen taraftarları var´ dedi. Notta bir de uyarı vardı: ?Bu yayınlar Sayın Büyükanıt´ın Genelkurmay Başkanı olması halinde, Gülen cemaatinin askeri birimlerde görevli taraftarlarına yönelik olası operasyonunun önünü kesmek amacıyla yapılmaktadır.?
Notla birlikte hakkında düğmeye basıldı. 3 Mart 2006´da hakkında İçişleri Bakanlığı´na mali durumunda artış olduğuyla ilgili bir rapor ulaştırıldı. Soruşturma açıldı ve aklandı.
Aynı sıralarda askerlerin önüne ise Şemdinli olaylarında Büyükanıt ve askerleri suçlayan altı sayfalık bir rapor ulaştı. İmzasız raporu onun hazırlattığı dönemin Sabah gazetesinde haber yapıldı.
http://arsiv.sabah.com.tr/2006/03/23/gnd101.html
Hem sivil hem de askeri cephede hedef haline getirilmişti.
Nitekim 22 Mart 2006´da üçüncü kez Emniyet İstihbarat Müdürlüğü´nden alındı. Yerine halen FETÖ ve Hrank Dink davalarında tutuklu olan Ramazan Akyürek getirildi.
Fakat örgüt peşini bırakmadı. 2008 yılında pasif görevdeyken mahkeme kararıyla telefonu İBDA-C üyesi Hüseyin Özgür sahte adıyla dinlenmeye başlandı.
Dinlemeler 2009 yılında bu kez Hizbullah üyesi Süleyman Karaman sahte adıyla yine mahkeme kararıyla sürdü.
Ardından bir suç çetesi soruşturmasında ve Ergenekon soruşturmasında hakkında sahte adlarla telefon dinleme kararları çıkarıldı.
Kararları talep eden polis şefleri, savcılar ve onaylayan hakimlerin tamamı bugün FETÖ´den ya tutuklu ya da firari.
2009 yılında artık Ergenekon soruşturmaları başlamıştı.
Habertürk´ten Fatih Altaylı´ya bir mektup yazarak Ergenekon soruşturmalarının 2001 ve 2006´da nasıl önüne geldiğini ve soruşturmaları yapmayı nasıl reddettiğini anlattı. Kitabında bu mektupla ülkeyi yönetenleri uyandırmak istediğini ama uyandıramadığını yazacaktı.
https://www.haberturk.com/yazarlar/fatih-altayli-1001/616137-imamin-ordusu-ve-ben
4 Aralık 2009 günü Hrant Dink suikastıyla ilgili mülkiye başmüfettişlerine verdiği ifadede cinayeti önceden bildiren haber raporunun kendisinden gizlendiğini söylemişti ama bu ifadesi arşivlerde kayboldu.
20 Eylül 2010 tarihinde Hanefi Avcı´nın Haliç´te Yaşayan Simonlar kitabının ardından İçişleri Bakanlığı´nın başlattığı soruşturmada mülkiye başmüfettişlerine bir kere daha ifade verdi, Ergenekon soruşturmaları ve o günkü adıyla Gülen cemaatiyle ilgili bildiklerini anlattı.
14 Şubat 2011 günü ODA TV çalışanları, Ahmet Şık ve Nedim Şener´i hedef alan operasyonda, ODA TV´deki bir bilgisayardan Ulusal Medya 2010 adlı belgenin çıktığı ve belgede ?Sabri Uzun, kitap yazmakta kararsız, ikna edilmeli?? gibi cümleler yer aldığı iddia edildi. Yine polisin bulduğunu ileri sürdüğü Ahmet Şık´ın İmam´ın Ordusu kitabının taslaklarında, kitabı Sabri Uzun´un yazdırdığını ima eden bölümler olduğu iddia ediliyordu. Yıllarca gözaltına alınmayı bekledi.
FETÖ´nün hala Türkçe Olimpiyatları´na gidilip, okyanus ötesine mesaj verilen makbul bir cemaat olduğu 11 Nisan 2013´de, TBMM´de kurulan Yasadışı Dinlemeleri Araştırma Komisyonu´na verdiği ifadede dinlemeleri devlet içinde bir yapının yaptığını, Ergenekon soruşturmasının iki kez önüne getirildiğini ve bu soruşturmaların içlerinin boş olduğunu anlattı hatta komisyon üyesi AK Parti milletvekilleri tarafından devam eden soruşturmalarla ilgili konuşmaması için uyarıldı.
17/25 Aralık´ın ardından 2014 yılının sonunda İN adlı kitabını yazdı.
