Ülkemizde rektör atamalarıyla ilgili tartışma yapılmayan bir dönem yok gibidir. Boğaziçi Üniversitesine yapılana rektör atamasına karşı öğrencilerin başlattığı eylem-itiraz önce sosyal medyada daha sonra da yazılı-görsel medyada ilgi gördü ve gittikçe bir çeşit muhalefet hareketi halini almaya başladı. Ülkemizde “Tarafsız(!)”, “anayasa mahkemesi başkanı” gibi sıfatları taşıyan “hukukçu” cumhurbaşkanları tarafından yapılan atamalar tartışıldığı gibi “partili” cumhurbaşkanı tarafından yapılan rektör atamaları da tartışılmaktadır. Önce üniversitede seçimin yapılması ve ilk altı kişinin YÖK’ e bildirilmesi, daha sonra ilk altı kişi içerisinden YÖK’ün takdiri ile üç kişinin cumhurbaşkanına sunulması oradan da yine takdir hakkı kullanılarak üç kişi içerisinden herhangi birinin rektör olarak atanması gibi bir sürü prosedür ve bürokrasi içerisine gizlenmiş ancak nihayetinde cumhurbaşkanının istediği kişiyi rektör olarak atadığı demokratik görünümlü bir uygulama da çok eleştirilmişti, doğrudan cumhurbaşkanının atadığı mevcut pratik de sürekli eleştirilmeye ve tartışılmaya devam edecek görünmektedir. Bu konuda uzun süre akademinin içinde bulunmuş öğretim üyeleri ile deneyimli gazete yazarlarının değerlendirmelerine haber sitelerinden ulaşmak mümkün. Konu çeşitli açılardan tartışılmakta, eleştirilmekte ve değerlendirmektedir. Birçok açıdan ufuk açıcı olarak görülebilecek olan bu değerlendirmeler kıymetli olmakla birlikte ülkemizdeki yönetim felsefesi ve rejim paradigması ile ilişkilendirilmediği takdirde bir yönüyle kadük kalmaktadır. Konunun Türkiye Cumhuriyeti eğitim felsefesi genelinde tartışılması ve yetiştirilmek istenen insan profili bağlamında değerlendirilmesi daha doğru görünmektedir.
Bakan, vali, büyükelçi, genel müdür gibi daha üst düzey bürokratik kadro atamalarında yapılmayan tartışmaların rektör atamaları söz konusu olduğunda gündeme gelmesi rektörlerin sahip olduğu güç ve yetkiyle ilgilidir. Rektörlüğün üst makamı pozisyonundaki YÖK başkanı ve üyelerinin atamaları bile bu kadar tartışılmamaktadır. Mevcut rektör atama yöntemini tartışırken ülkemizdeki yaklaşık yüzyıldır süregelen yükseköğretim politikalarını tartışmak gerekmektedir. Rektör atamaları buzdağını görünen kısmıdır. Türkiye’de üç temel üniversite reformundan bahsedilmektedir. 1933, 1946 ve 1981 yıllarında üniversite düzeyinde reformlar yapılmış, işleyiş ve yönetim basamaklarının yapılandırılmasında köklü değişikliklere gidilmiştir. Bunların ilki ve en köklüsü olarak tanımlanabilecek olanı 1933 reformudur. Cumhuriyet döneminde batılılaşma yolunda atılan adımların bir devamı olarak üniversiteler de ele alınmış, batılı eğitimcilerin hazırladıkları raporlara dayanılarak zaten yapılan devrimlere yeterince destek vermediklerinden dolayı eleştirilen hocalar köklü bir reforma tabi tutulmuştur. Özellikle Türk Tarih ve Dil teorilerine yeterince destek vermedikleri gibi bu tezleri eleştirmeleri bardağı taşıran son damla olmuş ve Darülfünun olarak adlandırılan tek yükseköğretim kurumu kapatılarak yerine İstanbul Üniversitesi kurulmuştur. Bugünden bakıldığında oldukça komik ve gereksiz görünmesi bir tarafa, o yıllarda iddia sahiplerinin bile inandırıcı bulunmayınca yumuşattığı ve sonraki yıllarda vazgeçmek durumunda kaldığı tarih ve dil tezlerinin Darülfünun hocalarınca sahiplenilmemesi hatta eleştirilmesi tepki çekmiştir. 1932 yılında Türk Tarih Tezini geliştirmek için toplanan 1. Türk Tarih Kongresinde Türk ırk ve uygarlığının üstünlüğünü kanıtlamak amacıyla sunulan bildirilerde Orta Asya’da kuraklık olup olmadığı ile ilgili çıkan tartışmada Darülfünun hocalarından Zeki Velidi Togan’ın Türk Tarih Cemiyeti Umum Kâtibi Reşit Galip tarafından aşağılandığı ifade edilmektedir. Daha sonra Maarif Vekili olan Reşit Galip hem üniversite reformunu gerçekleştiren bir bakan hem de bunun gerekçelerini toplantılarda açıklayan bir teorisyen olarak ön plana çıkmaktadır. İstanbul Üniversitesi’nin kurulmasıyla 92 Darülfünun hocasının işine son verilmiştir. Kaynaklarda farklı sayılar olmakla birlikte bu sayı mevcut hoca sayısının üçte ikisine tekabül etmektedir. Dönemin Maarif Bakanı Reşit Galip ile ondan sonra bakanlık yapan Yusuf Hikmet Bayur’un üniversitede İnkılap tarihi derslerini anlatmaya başlamaları bazı hocalar ile dekanların istifaları ile sonuçlanmıştır (Mazıcı, 1995). Üniversite reformunun ikincisi, II Dünya Savaşı Sonrası kurulan yenidünya dengelerine uyumun bir sonucu olarak çok partili sisteme geçişle birlikte 1946 yılında daha bilimsel ve demokratik bir yapı oluşturulması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Üçüncü olarak da 1980 askeri darbesinden sonra yapılan ve YÖK’ ün kurulmasıyla sonuçlanan üniversite reformudur. Her üç reformun da “tepeden inmeci” bir yaklaşımla yapıldığı, “bilimsel ve demokratik” gerekçeler öne sürülerek gerçekleştirildiği ifade edilmektedir (Arslan, 2005). Ülkemizde yapılan bütün anayasalarda ve temel yasalarda olduğu gibi üniversitelerle ilgili temel düzenlemelerin de olağanüstü dönemlerde ve anti demokratik yönetimlerin iş başında olduğu zamanlarda yapıldığı dikkat çekmektedir. Bu dönemlerin genel bir özelliği olarak 1947 tasfiyesi, 147’likler ve 1402’likler olarak adlandırılan (Mazıcı, 1995) toplamda yüzlerce akademisyenin üniversiteden atıldığı görülmektedir.