İstanbul Üniversitesi'nin kuruluşuna ilişkin tezler 1321 yılına kadar gider. Alman tarihçi Richard Honig, bugün Beyazıt Yerleşkesi'ndeki merkez binanın bulunduğu yerde Roma üniversiteleriyle eşdeğer nitelikte tıp, hukuk, felsefe ve edebiyat eğitimi veren bir kurumdan söz eder ve bu kurumun kurulduğu 1 Mart 1321 tarihinin bir bakıma İstanbul'da eğitimin başlangıç tarihi olduğunu belirtir.
Logoda 1453 var
Türk tarihçiler ise İstanbul Üniversitesi'nin kuruluşunu 1453 olarak kabul eder. İstanbul'un Fethi'nin ertesi günü 30 Mayıs 1453'te kentte yapılan toplantılarda kentte bir eğitim kurumunun kurulmasının kararlaştırılır. Bu karar üzerine 1470 yılında Fatih Camii çevresinde sekiz bölüm halinde açılan ve sekiz avlulu anlamına gelen Sahn-ı Seman Medreseleri günümüzde İstanbul Üniversitesi'nin kuruluş tarihi olarak kabul edilmektedir. Bu sebeple İstanbul Üniversitesi'nin logosunda kuruluş tarihi 1453 olarak yazmaktadır. Bir dönem İstanbul Üniversitesi rektörlüğünü de üstlenen hukukçu Cemil Bilsel ise üniversitenin kuruluş yılının Sahn-ı Seman Medreseleri'nin açıldığı yıl olan 1470 olduğunu belirtir.[18]
1900'de Darülfünûn-ı Şahane oldu
Osmanlı Devleti'nde Avrupa tarzında modern bir üniversite kurma girişimleri 1846'da başlamıştır. 1863, 1870 ve 1874'teki başarısız denemelerden sonra nihayet II. Abdülhamid'in fermanıyla 31 Ağustos 1900'de Darülfünûn-ı Şahane adı verilen ilk üniversite açılmıştır. İstanbul Üniversitesi, işte bu kurumun doğrudan devamıdır.
Mustafa Kemal'in tezlerine karşı çıkınca değiştirildi
Türkiye Cumhuriyeti 21 Nisan 1924 tarihli ve 493 sayılı Kanun'la İstanbul Darülfünunu'nun tüzel kişiliğini tanıdı.
Lağvedilen Fatih ve Süleymaniye Medreseleri, 7 Ekim 1925'te Darülfünun'a bağlı İlahiyat Fakültesi olarak "reorganize" edildi. 4 Mart 1924 tarihli Tevhid-i Tedrisat Kanunu'yla ilk ve orta öğretimi devletleştiren Cumhuriyet yönetimi, Darülfünun'un özerk statüsüne kuşku ile yaklaşmıştır.
Yönetim ile üniversiteyi karşı karşıya getiren ilk olay, 1923'te cumhuriyetin ilanı üzerine bir kutlama mesajı gönderilmesi teklifine, Darülfünun Talebe Birliği genel kurulunun, "üniversitenin siyasi akımların dışında kalması kanaatiyle" karşı çıkması oldu.
İkinci bir olay, harf devrimi konusunda bazı Darülfünun hocalarının çekinceler ifade etmeleri idi. Ancak sıl kopuş, Mustafa Kemal'in 1930'dan itibaren benimsediği Türk tarih ve dil tezlerine Darülfünun'un ilgi göstermemesi sonrası oldu.
1932 Türk Tarih Kongresi'nde, bazı profesörlerin Mustafa Kemal'in tezlerine karşı çıkmaları, Darülfünun'un sonunu getirdi.
İstiklal Mahkemesi hakimi ile İsviçreli eğitimciye görev
Kongreden iki ay sonra sonra, Türk tarih tezinin ateşli savunucusu, eski İstiklal Mahkemesi hakimi Maarif Vekili tayin edilerek, üniversiteye çeki düzen vermekle görevlendirildi.Bu kapsamda, İsviçreli eğitimci Albert Malche ülkeye çağrılarak, Darülfünun'un üzerine bir rapor yazması sağlandı. Profesör Malche'nin yazdığı olumsuz rapor üzerine 1933 Temmuzunda çıkarılan 2252 sayılı yasa ile Darülfünun ve ona bağlı bütün kurumlar, kadro ve örgütüyle lağvedildi. Yerine İstanbul'da Maarif Vekâletine bağlı yeni bir üniversite kurulması kararı alındı. İstanbul Üniversitesi 1 Ağustos 1933'te yeni bir kadro ve yapıyla açıldı.
