Milli Mücadele, ruhunu İslam’dan alır. Hatta Anadolu harekâtı, ittihadı İslam’ın Anadolu’da giriştiği son hamledir. Nitekim Sivas Kongresi’nde alınan kararda “hilafetin ve İslam vatanının esaretten kurtarılması” ana ilkedir. Mustafa Kemal, Kadiri şeyhi ve Kürt aşiret reisleri gibi şahsiyetler aynı fotoğrafta yer alıyorlar.
İlk defa 17 Mart 1919 yılında İzmir işgaline karşı Müdafa-i Hukuku Osmaniye Kongresi düzenlendiğinde en büyük destekleyiciler arasında İzmir Müftüsü Rahmetullah Efendi gibi alimler yer almaktadır.. Balıkesir, Manisa, Alaşehir ve daha sonra Erzurum’da yapılan bütün kongreler ve kurulan cemiyetler “vatan, din ve namus” söylemine dayanır. Camilerde toplantılar yapılır, yerel alimler ve müftüler en önde yer alırlar. Mehmet Akif, Kastamonu Nasrullah Camii’nde bütün Müslümanları son İslam vatanlarına sahip çıkmaya çağırır: “Bu toprak kalıyor dinimizin son yurdu, bu da çiğnendi mi çiğnendi demek şer’i mübin”. Çağrısını çeşitli camilerin hutbelerinde sürdürür. Zağnos Paşa Camii de bunlardan biridir: “Vatanı savunmak bir dini vecibedir. Din açısından farzdır. Onu ihmal etmek asla dinen caiz değildir…Bu namerd taaruza karşı koymak kadın erkek, çoluk çocuk, genç ihtiyar…her ferd için farz-ı ayn olduğu bir lahza hatırdan çıkarılmamalıdır”.
Milli Mücadele’nin İslam ruhunu taşıyan çok önemli bir göstergesi de yayınlanan cihat fetvasıdır. Cihat fetvası, 16 Nisan 1920 yılında Ankara Kuvva-i Milliye Başkanı ve Ankara Müftüsü Rıfat Börekçi başkanlığında, 153 alim tarafından imzalanır.
“-Dünyanın düzeninin sebebi olan Müslümanların Halifesi (Allah onun azametini ve hilafetini kıyamet gününe kadar uzatsın) hazretlerinin hilafet makamı ve saltanat merkezi olan İstanbul, Halife’nin rızası hilafına olarak, Müslümanların düşmanları olan devletler tarafından fiilen işgal edilerek İslam askerleri silahlarından soyulup bazıları haksız yere öldürülerek, Hilafet merkezinin korunmasını üstlenen, bütün istihkamlar, kaleler diğer harp vasıtalarını zapt ve resmi muameleleri yürütme ve müslüman askerleri techize memur olan Bab-ı Ali ve Harbiye Nezareti’ne el konularak, halifeyi, milletin hakiki faydalarını temin edecek tedbirler almasından fiilen yasaklama, sıkı yönetim ilanı, Divan-ı Harpler teşkil ederek İngiliz kanunlarına uygun olarak muhakeme ve cezalandırma suretiyle Halife’nin hükmetme hakkına müdahale ve yine Halife’nin arzusu hilafına olarak Osmanlı memleketinin bir parçası olan İzmir, Adana, Maraş, Antep ve Urfa havalisine düşmanlar tarafından tecavüz edilerek, gayrimüslim vatandaşlar ile işbirliği halinde Müslümanları öldürüp, mallarını soygun ve yağma edip, namuslarına tecavüz ederek mukaddesatlarını tahkir ettikleri taktirde yukarıda açıklandığı gibi harekete maruz kalan ve esir olan gayretlerini sarf etmek bütün Müslümanlara farz olur mu?
Cevabı budur : Allah en iyisini bilir, OLUR”... Bu şekilde hilafetin meşru haklarını, gasp edilen gücünü geri almak ve tecavüze maruz kalan memleketleri düşmandan temizlemek için cihad edip savaşan Müslümanlar dinen baği (devlete isyan etmiş) olurlar mı?
Cevabı budur: Allah en iyisini bilir. OLMAZLAR”
Üsküdar Nakşi Özbekler Tekkesi ve Eyüp’te Kadiri Hatuniye Tekkesi de bir çok önemli aydınların ve liderlerin Anadolu’ya geçerek mücadeleye katılmalarına öncülük etmiştir. Anadolu’nun farklı yerlerinde bir çok şeyh, imam ve alim mücadeleye katılır, destekte bulunur ve Mustafa Kemal ile mektuplaşırlar.
Milli Mücadele’yi yürüten merkez Ankara’da Büyük Millet Meclisi’dir. Bu Meclis, Bayram Camii Cuma namazı çıkışında, Bayrami Tarikatı postnişi, Mustafa Kemal, ulema ve sancak-ı şerif altında açılır. Meclis’in başkan kürsüsünün üzerinde bir ayet asılıdır: Onlar aralarındaki işleri şura ile yaparlar. Meclis, İstiklal Mücadelesi’ni yürütürken başkomutan olarak Mustafa Kemal’i seçer. Anasar-ı İslamiye’yi temsil eder. “Meclisi alinizi teşkil eden zevat yalnız... mürekkep anasır-ı İslamiye’dir” der Mustafa Kemal. Mustfa Kemal, büyük bir liderlik üstlenmiştir. Askeri mücadeledeki tecrübe ve yetkinliğini burada ortaya koymuştur.
Milli Mücadele daha sonra resmi tarih yazımı ile beraber bambaşka bir kurgu içine yerleştirilecek. Tamamen Kemalizm’in idealleri, imajları ve beklentileri ile donatılacak. İslam’ın derin ruhu silinecek ve gerçek tarih yerine icat tarih geçecektir. Kemalizm, Mustafa Kemal Atatürk üzerinden yeni bir ideolojiye dönüşecek. Mustafa Kemal, bu ideoloji içinde yeniden üretilecek. İstiklal Mücadelesi salt anti-emperyalist, ulusalcı ve seküler bir savaş olarak görülecek. Hatta bu mücadelenin ruhundan fışkıran İstiklal Marşı’nı değiştirme peşinde olanlar bile çıkacak.