Anadolu Ajansı muhabirinin derlediği bilgilere göre, Muhammed Hamdi, Elmalı Şer’iyye Mahkemesi Başkatibi Numan Efendi ile Fatma Hanım’ın oğlu olarak 1878’de Antalya’nın Elmalı ilçesinde doğdu. Ailesi, soy ismini de aldığı Burdur’un Gölhisar ilçesine bağlı Yazır köyünden olan Muhammed Hamdi, ilk ve ortaöğrenimi ile hafızlığını Elmalı’da tamamladı. Muhammed Hamdi, daha sonra eğitimine devam etmek için dayısı Mustafa Efendi ile 1895’te İstanbul’a giderek, Küçük Ayasofya Medresesi’ne yerleşti.
Beyazıt Camii’ndeki derslerine devam ettiği Kayserili Mahmud Hamdi Efendi’den icazet aldı. Bundan sonra hocası “Büyük Hamdi”, kendisi de “Küçük Hamdi” diye anılmaya başlandı. Yazılarında da bu imzayı kullandı. Soyadı kanunu çıkınca babasının köyünün ismi olan Yazır’ı soy ismi olarak aldıysa da daha çok doğum yeri olması sebebiyle “Elmalılı” diye meşhur oldu.
Muhammed Hamdi, öğrenimi sırasında Bakkal Arif Efendi ile Sami Efendi’nin hat derslerine devam ederek, onlardan da icazet aldı. 1904 yılında girdiği “ruus” imtihanını kazanan Muhammed Hamdi, aynı dönemde kadı mektebi yerine kurulan Mekteb-i Nüvvab’ı birincilikle bitirdi. Muhammed Hamdi, bir taraftan da kendi gayretiyle edebiyat, felsefe ve musiki öğrendi. Beyazıt Medresesi’nde 1905-1908’de dersiamlık yaptıktan sonra II. Meşrutiyet’in ilk meclisine Antalya mebusu olarak girdi.
Daha sonra Şeyhülislamlık Mektubi Kalemi’nde görev aldı. Mekteb-i Nüvvab ve Mekteb-i Kudat’ta fıkıh, Medresetü’l-Mütehassısin’de usul-i fıkıh, Süleymaniye Medresesi’nde mantık, Mülkiye Mektebi’nde vakıf hukuku dersleri okuttu.
1915-1917 yıllarında padişahın huzur derslerine muhatap olarak katıldı. 1918’de şeyhülislamlık bünyesinde kurulan Darü’l-Hikmeti’l-İslamiyye üyeliğine, bir süre sonra da bu kurumun başkanlığına atandı. Israrlı teklifler üzerine Damat Ferit Paşa’nın birinci ve ikinci hükümetlerinde Evkaf Nazırı (Vakıflardan sorumlu bakanlık) olarak görev yaptı.
Muhammed Hamdi, 15 Eylül 1919’da ayan heyeti üyeliğine tayin edilirken, ilmi rütbesi de Süleymaniye Medresesi müderrisliğine yükseltildi. Cumhuriyet’in ilanı üzerine memuriyet yaptığı kurumlar lağvedilince açıkta kaldı.
Millî Mücadele sırasında İstanbul hükümetlerinde görev yaptığı için İstiklâl Mahkemesi’nce gıyabında idama mahkûm edilmesi üzerine Fatih’teki evinden alınarak Ankara’ya götürüldü ve 40 gün tutuklu kaldı. Mahkeme sonunda suçsuz bulunarak serbest bırakıldı.
Yaşanan bu olaydan sonra camiye gitme dışında evinden hiç çıkmadı. Maddi sıkıntı çektiği bu dönemde “Metalib ve Mezahib” adlı tercüme eserini tamamladı. Türkiye Büyük Millet Meclisi’nde Türkçe bir tefsir hazırlatılması kararı alınınca Diyanet İşleri Reisliği tarafından bu işle görevlendirildi. Dönemin Diyanet İşleri Başkanı Rifat Börekçi ve yardımcısı Ahmet Hamdi Akseki’nin teklifini kabul eden Elmalılı, tefsiri yazmaya başladı. 1926’da başladığı “Hak Dini Kur’an Dili” adını verdiği eserini 1938’de bitirmeyi başardı.
Elmalılı Muhammed Hamdi Yazır, 27 Mayıs 1942’de, kalp yetmezliğinden Erenköy’de vefat etti ve Sahrayıcedid Mezarlığı’na defnedildi. Çağdaşları arasında az rastlanan geniş kültürlü mütefekkir bir din âlimi olan Elmalılı Muhammed Hamdi Yazır, aynı zamanda sanatçı bir kişiliğe sahipti. Türkçe, Arapça ve Farsça şiirler yazdı, Fransızca tercümeler yapan, musikiye de ilgili olan Elmalılı’nın sanatçı kişiliği daha çok hattatlığı da ön plana çıktı. Sülüs, nesih, ta’lik ve celi türünde çeşitli levhalar yazdı. Muhammed Hamdi, rik’a ve icazet hattında da başarılı görülerek, son devrin seçkin hattatları arasında sayılır.
Muhammed Hamdi, İslami ilimlerdeki derin hakimiyetinin yanı sıra felsefi düşünce ve pozitif ilimler alanında da sağlam bir anlayışa sahipti. Dini endişelerle pozitif ilimlerin önüne engel konulmaması gerektiğini ısrarla savundu. “Hak Dini Kur’an Dili” adlı başarılı tefsiri ile bilinen Elmalılı’ya göre, Kur’an-ı Kerim hiçbir dile hakkıyla tercüme edilemez. İhtiva ettiği manaları keşfetmek çok zor olmakla birlikte Kur’an’ı tefsir edebilmek için kelimelerin gerçek anlamını belirlemek önemlidir. Lafız ve mana bakımından ilişkili olan kelimeler arasında bağlantı kurmak, lafızların yer aldığı metnin genel kompozisyonunu dikkate almak ve neticede kastedilen asıl mana ile tali manaları ayırt etmek gerekir. Elmalılı, tefsirini hazırlarken bazı önemli müfessirlerin eserlerinden geniş ölçüde faydalanırken fıkhi konularda genellikle Hanefi mezhebinin kaynakları ile yetindi. Kur’an-ı Kerim’i tefsir ederken döneminin tartışma konularına da yer verip bunlardan Kur’an’a uygun olan görüşleri belirlemeye çalıştı.
“Hak Dini Kur’an Dili’nin çoğunlukla geleneksel tefsir çizgisinde yer aldığı kabul edilmekle beraber bazı ayetlere kendisinden önceki âlimlerin verdiği anlamlar yerine yeni anlamlar vermesi onun orijinal tefsir yapabilen bir âlim olduğunu kanıtladı. Fıkıh ve usul-i fıkıh sahasına da çok hâkim olan Muhammed Hamdi, tasavvufla da ilgilendi. Tefsirini hazırlarken vahdet-i vücut konusunda yer yer eleştirdiği İbnü’l-Arabi’den bol miktarda alıntılar yapması ve zaman zaman sufi meşrepli bir üslup kullanması tasavvufi temayülünün işaretleri sayılır. 3-4 yıl aralıksız felsefe ile meşgul olan Muhammed Hamdi, Batılı bazı yazarların mantık ve felsefe kitaplarını tercüme etmek, pozitivizm, materyalizm ve evrim teorisi başta olmak üzere çeşitli felsefi sistemleri eleştirerek, felsefede de söz sahibi bir âlim olduğunu gösterdi.