Aliya İzetbegoviç, 1925 yılında Bosanski Şamats’ta, Bosna‘nın en büyük nehirleri olan Bosna ve Savoia’ya bakan bir evde dünyaya geldi. Beş kardeşin üçüncüsü ve ilk erkek çocuktu. Aliya iki yaşındayken aile Saraybosna‘ya taşındı ve ilkokula burada gitti. Kendi anlatımı ile çocukluğuna babasının hastalığı damga vurdu. Birinci Dünya Savaşı’nda İtalya cephesinde yaralanan babası Mustafa Bey, hayatının son on yılını felçli olarak geçirdi.
Komünizm egemenliğindeki Yugoslavya’nın bir parçası halindeki Bosna’da, Birinci Erkek Lisesi’nde eğitim aldı. Bu süreçte yaşadığı kafa karışıklıkları tüm hayatını şekillendirdi. 15 yaşındayken okuldaki komünist propagandadan etkilenen ve kendi tabiriyle inancında tereddütler yaşamaya başlayan Aliya, iki yıl süren bu gelgitlerden sonra İslam inancını yeniden keşfetti ve bir daha hiç kaybetmeyeceği ve “Artık inancım sadece bana miras kalandan ibaret değildi” olarak tarif ettiği bir duruşa sahip oldu. 18’li yaşlarında İslam kaynaklarının dışında Avrupa felsefesinin tüm mühim eserlerini okumuştu.
Dedesi, Osmanlı ordusuna bağlı bir asker olarak askerliğini İstanbul’da yaptığı ve burada Üsküdar doğumlu bir Türk kızı olan Sıdıka Hanım ile evlenmiş olduğu için Türk kanı da taşıdığını sık sık dile getiren Aliya İzetbegoviç, henüz lise talebesiyken Genç Müslümanlar (Mladi Muslimani) adıyla bilinen bir grupla tanıştı. Mart 1941’de Genç Müslümanlar Derneği’ni kurmak için harekete geçseler de Almanya’nın Yugoslavya’ya saldırması sonucu bu girişim başarılı olamadı.
1943 yılında İkinci Dünya Savaşı’nın tam ortasında liseden mezun oldu. Savaş bittiğinde Tito liderliğindeki Partizanların baskıları artmaya başladı ve amacı Müslüman Boşnakları dini ve milli konularda bilinçlendirmek olan Genç Müslümanlar oluşumundaki gençler birer birer tutuklanmaya başladı. Aliya’nın “Bizler suçlanıp hapsedilen ilk Genç Müslümanlar grubuyduk” diye tarif ettiği bu gençler arasında kurşuna dizilerek idam edilenler de oldu. Aliya, Mart 1946’dan Mart 1949’a kadar üç yıl hapiste kaldı. Kısa süreli ceza mahkûmu olduğu için inşaatlarda ve orman işlerinde çalıştırıldı.
24 yaşında hapishaneden çıktı ve hukuk fakültesine gitmek istedi. Ancak ailesi artık ‘sabıkalı’ olduğu için hukuk alanında önünün açık olmayacağını söylediği için ziraat fakültesine kaydoldu. 3 yıl eğitim aldıktan sonra hukuk fakültesine geçti. 1956 yılında buradan mezun oldu.
Kurumlara hukuk danışmanlığı yapan ve komünist rejimin baskılarına rağmen bir yandan da okuma ve yazma serüvenini hiç aksatmayan Aliya, 1970 yılında hem ülkesinde hem İslam dünyasında büyük ses getiren İslam Deklarasyonu kitabını yayınladı. Kitabın ilk nüshaları, 1946 yılındaki hapis sürecinden önce yazılmış, el yazması olan bu nüshalar Aliya’nın kardeşi Azra tarafından 20 yıl boyunca evin çatısındaki bir kirişin altında saklanmıştı. Yarısı çürüyen bu nüshaları elden geçirip, yeni bilgilerle güncellikten sonra yayınlayan Aliya için yine bir mart ayında hapis yolu gözüktü.
Mart 1983’te yasal düzeni yıkmak amacıyla örgüt kurmakla suçlanarak tutuklanan Müslüman aydınlardan biri de Aliya’ydı. Tarihe Tanıklığım kitabında bu günlerden şöyle bahsedecekti: “Hayatımın yeni döneminin başlangıcı kesin olarak Mart 1983’te hapse atılmamdır. Bunu altı yıl hapis, bir yıl tatil ve on sene boyunca Bosna-Hersek Devlet Başkanlığı Konseyi Üyesi olarak vazifede bulunmam izledi.”
14 yıl hapse mahkûm edilen Aliya İzetbegoviç, pişman olduğunu belirtip af dilemek ve bir daha siyasi faaliyetlere dönmemek şartıyla serbest bırakılma teklifini kabul etmedi. Cezaevinde geçirdiği günlerde de yazmaya devam etti ve “Özgürlüğe Kaçışım” eserini kaleme aldı. Özellikle İslam ülkelerinden gelen baskılar sonucu 25 Kasım 1988’de afla serbest bırakıldı.
Serbest kaldıktan sonra çalışmalarına kaldığı yerden devam etti ve Mart 1990’da Demokratik Eylem Partisi’ni kurdu. SDA, ilk çok partili seçimde en çok oyu aldı ve Aliya İzetbegoviç eski Yugoslavya’daki 6 sosyalist cumhuriyetten biri olan Bosna Hersek’in başkanı oldu.
Yugoslavya Sosyalist Federal Cumhuriyeti yıkılma ve dağılma sürecindeyken, 1 Mart 1992’de Aliya liderliğindeki Boşnaklar bir referandum düzenledi. 1 Mart 1992’de gerçekleşen referanduma göre halk bağımsızlığı seçti ve Bosna-Hersek bağımsızlığını ilan etti. Sırpların bu karara cevabı silahlı saldırı oldu. Avrupa’nın üçüncü büyük ordusu olan Yugoslavya Federal Ordusu, bütün gücüyle Sırp Çetniklerinin kontrolüne geçti ve henüz bir ordusu dahi bulunmayan Bosna’ya karşı acımasız bir savaş başlattı. 100 binden fazla kişinin öldürüldüğü, 2 milyon kişinin evinden olduğu savaş, Avrupa’nın ortasında bir halkın soykırıma uğraması anlamına geliyordu.
ABD tarafından dayatılan ve 14 Aralık 1995 tarihinde imzalanan Dayton Anlaşması’yla kanlı savaş sona erdi. Bütün bu süreçte yok olma tehlikesiyle karşı karşıya olan halkına liderlik eden Aliya İzetbegoviç, 42 aydan fazla süren ve bini çocuk olmak üzere 10 binden fazla insanın öldürüldüğü Saraybosna kuşatması boyunca şehri terk etmedi. Defalarca ölüm tehlikesi atlattı ve halkının özgürlük mücadelesine öncülük etti.
Aliya İzetbegoviç, anlaşma imzalandıktan sonra Üçlü Başkanlık Konseyi’ne seçildi ve halkının liderliğini üstlenmeye devam etti. 2000 yılının Haziran ayında sağlık sorunları nedeniyle görev süresi dolmamasına rağmen devlet başkanlığından çekildiğini açıkladı.
Bosna Hersek halkına uluslararası arenada tanınan, bağımsız bir devlet bırakan Aliya, 19 Ekim 2003’te Saraybosna’da vefat etti. Cenazesine farklı ülkelerden 150 binden fazla kişi katıldı. “Şehitlerin arasında mütevazı bir mezara defnedilmek istediğini” vasiyet ettiği için Bosna Savaşının kahramanlarının ve Osmanlı şehitlerinin bulunduğu Kovaçi Şehitliği’ne gömüldü.